南方水产科学

作者：黄勇, 龚望宝, 陈海刚, 熊建利, 孙西红

关键词：大口黑鲈, 转录组, unigenes, 基因注释

文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象，利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析，经拼接组装，最终获得35 659条unigenes，序列平均长度738 bp，序列长度中位数 (N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估，数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库 (KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG) 注释大口黑鲈转录组unigenes，分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中，5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功，17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示，获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中，参与信号转导通路的unigenes数量最多，共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星 (SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序，获得了大量的转录组信息，为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。

来源：2019年第1期

《南方水产科学》期刊编辑部

查看南方水产科学杂志2019年第1期