南方水产科学

作者：彭冶, 李杰, 王涛, 张凯, 宁先会, 暨杰, 尹绍武

关键词：瓦氏黄颡鱼, 基因组, 微卫星, 分布规律

文章探究了瓦氏黄颡鱼 (Pelteobagrus vachelli) 全基因组微卫星的分布特征及其规律，旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool) 软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析，并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO (Gene Ontology) 注释和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 富集分析。在瓦氏黄颡鱼全基因组 (约663.53 Mb) 中筛查到6种完整型微卫星共417 724个，相对丰度为630 个·Mb−1，在全基因组总长度中占比1.48%。其中二碱基重复类型的微卫星个数最多，占微卫星总数的43.36%，其他依次分别是单碱基 (39.02%)、四碱基 (9.05%)、三碱基 (7.34%)、五碱基 (1.12%)和六碱基 (0.12%)。对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位，发现其中10 924个微卫星分布在外显子区，共定位到5 788个基因上。GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多，GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程。KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路，其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著 (P=0)。联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关。

来源：2022年第1期

《南方水产科学》期刊编辑部

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