南方水产科学

作者：杨尉, 司圆圆, 许瑞雯, 陈兴汉

关键词：疣吻沙蚕, 全基因组survey, 简单重复序列, 多态性位点

为了解疣吻沙蚕 (Tylorrhynchus heterochaetus) 基因组信息并高效地开发微卫星标记，指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究，采用低深度高通量测序开展全基因组survey，k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb，杂合率1.41%，重复序列比例45.92%；初步组装获得2 181 621条scaffold，全长为840 375 821 bp。在基因组序列中检测到130 216个微卫星位点，丰度为154.9 个·Mb−1。微卫星重复次数集中在4~18拷贝；单碱基重复比例最高 (35.00%)，二碱基 (32.48%)、三碱基 (14.42%) 次之；二碱基、三碱基优势基序分别是AT/AT、AAT/ATT，表现出A/T碱基优势。从随机挑选的50对引物中筛选到15对多态标记，在30尾样本中共检测到87个等位基因，等位基因数 (Na) 为2.000~12.000 (平均5.800)，有效等位基因数 (Ne) 为1.164~6.713 (平均3.328)，期望杂合度 (He) 为0.141~0.789 (平均0.561)，多态信息含量 (PIC) 为0.136~0.776 (平均0.511)；其中13个为高度或中度多态性位点，在遗传分析中有较高的实用价值。结果表明，疣吻沙蚕基因组为复杂基因组，其微卫星位点类型丰富且具备良好的多态性潜能，可为种质资源评价、群体遗传学及分子育种研究提供有效的标记资源。

来源：2023年第5期

《南方水产科学》期刊编辑部

查看南方水产科学杂志2023年第5期