南方水产科学

作者：郭瑶杰, 万武波, 王海山, 叶乐, 陈治

关键词：环境DNA宏条形码, 鱼类多样性, 通用引物, MiFish-U, 海南

环境DNA (Environmental DNA, eDNA) 宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多，但是该技术发展尚不完善，对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物，选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样，比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物 (MiFish-U、AcMDB07、Ac12S) 在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明：1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元 (Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01)，MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高；2) MiFish-U检出的物种数最多 (140种)，AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种；3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善，两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平；4) Ac12S检出的特有鱼类很少 (仅4种)，暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代，而MiFish-U的可替代性最低；5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似，但对具体物种却存在一定差异。结果表明，综合OTUs注释等多种因素，特别是现有参考数据条件下，MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。

来源：2025年第1期

《南方水产科学》期刊编辑部

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